一  新設事業
 (一) 屬水污染防治法第十三條規定，應先檢具水污染防治措施計畫者八
      十八年七月一日後新設立之畜牧業，屬水污染防治法第十三條規定
      ，應先檢具水污染防治措施計畫者，經環保主管機關審查核准後，
      檢具上開核准之文件，向農政主管機關申請牧場登記。並於取得該
      牧場登記證後，檢具牧場登記證及相關之文件，向環保主管機關申
      請排放許可證。
 (二) 非屬水污染防治法第十三條規定，無須檢具水污染防治措施計畫者
      八十八年七月一日後新設立之畜牧業，非屬水污染防治法第十三條
      規定，無須檢具水污染防治措施計畫審核文件者，直接依農政主管
      機關規定申請牧場登記。並於取得牧場登記後，檢具牧場登記證及
      相關之文件，向環保主管機關申請排放許可證或暫時排放許可文件
      。

二  既設事業
 (一) 新申請排放許可證或暫時排放許可文件者 (例如尚未取得或舊證失
      效者) 應逕向農政主管機關申請牧場登記，並於取得該牧場登記證
      後，檢具牧場登記證及相關之文件，向環保主管機關申請排放許可
      證或暫時排放許可文件。惟地方主管機關應確實嚴密查核該等業者
      ，是否未經許可排放廢 (污) 水，並依水污染防治法規定辦理。
 (二) 申請廢 (污) 水排放許可展延者
      八十八年七月一日後領有廢 (污) 水排放許可證或暫時排放許可文
      件之畜牧業，申請展延時，應檢具牧場登記證及相關之文件，向環
      保主管機關申請展延。未能檢具牧場登記證者，主管機關應依水污
      染防治法施行細則第二十七條之規定，通知限期補正 (補正期間不
      得過九十日) ，逾期不補正者，主管機關應予駁回，並通知不得排
      放廢 (污) 水。