一、行政院環境保護署（以下簡稱本署）因應水污染防治法（以下簡稱本
    法）修正施行後，各級主管機關於本法授權之法規命令、行政規則（
    以下合稱相關法規）尚未訂定或修正發布前之過渡時期，依本原則執
    行本法規定之相關工作。

二、本法修正前之相關法規，其規範內容已明定於本法者，逕行適用本法
    規定。

三、相關法規尚未訂定或修正發布前，主管機關所為之行政處分應適用修
    正前相關法規。

四、對於本法修正施行前之違法行為，行為後尚未處分者，適用主管機關
    最初裁處時之法律或相關規定。但裁處前之規定有利於行為人者，適
    用最有利之規定。
    本法修正施行後，各級主管機關依前項但書，須適用本法修正施行前
    規定裁處者，應適用中華民國一百零一年十月八日發布之違反水污染
    防治法罰鍰額度裁罰準則（以下稱裁罰準則）、九十九年三月二十四
    日環境檢驗測定機構違反環境檢驗測定機構管理辦法裁罰基準（以下
    稱裁罰基準）。
    本法修正施行後之違法行為，依裁罰準則、裁罰基準計算罰鍰額度，
    於違法行為該當本法第七十三條各款規定情節重大情形之一者，得以
    各該條罰鍰最高額裁處；經限期改善屆滿未完成改善者，各級主管機
    關應逐次查驗並按次處罰。

五、違反本法第十八條之一之行為，在裁罰準則尚未修正發布前，繞流排
    放行為依違反水污染防治措施及檢測申報管理辦法（以下簡稱管理辦
    法）第五十二條第一項規定、稀釋行為依違反管理辦法第三十七條第
    一項規定、未具備足夠之功能與設備依違反管理辦法第十二條第一項
    、未維持正常操作依違反管理辦法第十四條第一項規定，計算罰鍰額
    度。

六、本法修正施行前，排放許可證或簡易排放許可文件之申請、變更已於
    中華民國一百零四年二月六日前由本署委託之機關審查者，應依行政
    程序法第十八條規定辦理。

七、前點以外之本法或相關法規修正前已受理之人民申請許可案件，如在
    處理程序終結前，據以准許之法規已依本法授權修正發布者，適用修
    正後之法規。但修正前之法規有利於當事人而修正後之法規未廢除或
    禁止所申請之事項者，適用修正前之法規。

八、本法第十四條之一風險評估與管理報告未規定前，事業有辦理風險評
    估與管理報告者，其作業方式可依據「土壤及地下水污染場址環境影
    響與健康風險評估辦法及撰寫指引」、「美國材料試驗協會」（ASTM
    ）之健康與生態風險評估相關準則、美國環保署之人體健康與生態風
    險評估相關指引或其他經本署認可之方法進行。

九、本法第六十六條之二授權訂定違反水污染防治法義務行為所得利益之
    核算及推估辦法尚未發布前，依違反水污染防治法裁處不法利得稽查
    及裁處作業要點規定，核算違反水污染防治法義務行為之所得利益。