本基金之用途如下：
一、各級主管機關依本法第七條第一項與第五項、第十二條第一項、第五項至第六項、第八項至第十項與第十三項、第十三條第一項與第二項、第十四條第一項與第三項、第十五條、第二十二條第一項、第二項與第四項、第二十四條第三項至第五項及第二十七條第一項與第二項規定查證、採取應變必要措施、監督、訂定計畫、審查計畫、調查計畫、評估、實施計畫、變更計畫支出之費用。
二、基金求償及涉訟之相關費用。
三、基金人事、行政管理費用、土壤、地下水污染預防及整治相關工作人事費用。
四、各級主管機關執行土壤及地下水污染管制工作費用。
五、土壤、地下水污染查證及執行成效之稽核費用。
六、涉及土壤、地下水污染之國際環保工作事項之相關費用。
七、土壤、地下水品質監測及執行成效之稽核事項之相關費用。
八、關於徵收土壤、地下水污染整治費之相關費用。
九、關於土壤、地下水污染之健康風險評估及管理事項之相關費用。
十、土壤、地下水污染整治技術研究、推廣、發展及獎勵費用。
十一、關於補助土壤、地下水污染預防工作事項。
十二、辦理各項土壤、地下水污染整治貸款信用保證及利息補貼之相關費用。
十三、其他經本法中央主管機關核准有關土壤、地下水污染整治之費用。